De Boheemse koning Wenceslaus (Vaclav) I gaf rond het jaar 1230 de grootste van de nederzettingen aan de Moldau (Vltava) de status van stad. Dit werd de koninklijke residentiestad van het koninkrijk Bohemen, het huidige Tsjechië. De burchtstad, op de linkeroever van de Moldau, werd ommuurd en aan de muren ontstonden meerdere nederzettingen. In 1287 werden deze nederzettingen samengevoegd en door een nieuwe ommuring omgeven en zo ontstond de Oude Stad (Staré Město, Altstadt) met autonome rechten volgens Duits (Maagdenburger) stadsrecht. Bohemen was inmiddels onderdeel van het Duitse Rijk geworden.

De tweede helft van de 14e eeuw was een zeer belangrijke periode in de ontwikkeling van Praag. Tijdens de regeringstijd van Karel IV en zijn zoon Wenceslaus IV werd de stad snel belangrijker en groter. Het doel van de beide heersers was de uitbreiding van Praag tot de nieuwe residentie van het hele Duitse Rijk . Nog tijdens de regeringstijd van zijn vader Jan de Blinde liet Karel IV in het jaar 1333 de door een brand vernietigde Praagse burcht herbouwen. Elf jaar later, op 30 april 1344, werd het bisdom van Praag gepromoveerd tot aartsbisdom, na de inzet van Karel IV. Daarbij begon in hetzelfde jaar de nieuwbouw van de Sint-Vituskathedraal. In het jaar 1346 werd Karel tot koning van het Duitse Rijk gekozen en twee jaar later stichtte hij de eerste universiteit van Midden- en Oost-Europa (het Collegium Carolinum, de huidige Karelsuniversiteit). Ook in 1348 stichtte hij de Nieuwe Stad (Neustadt) als de vierde van de Praagse steden. Ten slotte werd in 1357 een nieuwe stenen brug aangelegd. Nadat de Judithbrug was ingestort werd de tegenwoordig nog steeds bestaande Karelsbrug gebouwd. In deze periode lag het inwoneraantal van de stad rond de 40.000, hiermee behoorde het tot de grootste steden van Europa. Ook na de dood van Karl IV in 1378 bleef er in hoog tempo gebouwd worden in de vier steden. In 1400 hield dit echter op, toen Wenceslaus IV werd afgezet. Dit gaf een aanzienlijke terugslag in de ontwikkeling van Praag. Vooral toen in 1419 de hussitische revolutie uitbrak en de stad, evenals vele andere steden tot ver in de Duitse landen, verwoestingen moest ondergaan ten gevolge van de strooptochten van de hussieten, de volgelingen van de revolutionaire hervormer Johannes Hus. In wezen ging het in Praag en andere steden om een opstand van de Tsjechische lagere volksklasse tegen het Duitstalige patriciaat. De hussieten namen met geweld de kerken in, en verdreven een groot deel van de Duitstaligen, met name ook aan de universiteit. Hun vertrek verarmde de wetenschap in Praag en verrijkte die aan de omliggende universiteiten in Saksen en Beieren. Maar de Tsjechen kregen er dan wel een nationale universiteit voor terug.